Indemnisation d’un arrêt de travail en 2026 : le guide pratique pour les RH et la paie
Rédigé par Damien Vieillard-Baron Publié le 28/08/2026
Partager
Calcul des indemnités journalières, plafond abaissé, indemnisation des arrêts de travail, rôle de la prévoyance collective, durée de versement en cas d'accident du travail : ce qu'il faut savoir pour piloter correctement la gestion d'un arrêt de travail en entreprise.
Pour le détail des nouvelles règles de prescription et de contrôle applicables au 1er septembre 2026 (plafonnement de la durée, motif de l'arrêt transmis à l'Assurance maladie), consultez notre article "Loi anti-fraude 2026". Ce guide se concentre ici sur un autre enjeu, tout aussi central pour les entreprises : comment se calcule l'indemnisation d'un salarié en arrêt, et comment sécuriser sa gestion administrative.
Qui peut prescrire un arrêt de travail, et comment ?
La prescription d'un arrêt maladie reste ouverte à trois professionnels de santé : le médecin, le chirurgien-dentiste et la sage-femme. Sur ce point, rien ne change. Ce qui évolue, en revanche, c'est la marge de manœuvre dont ils disposent pour fixer la durée de l'arrêt.
Jusqu'ici, cette durée relevait presque entièrement de l'appréciation du prescripteur. Les données de l'Assurance maladie montrent que cette liberté a produit des écarts importants avec les recommandations de la Haute Autorité de santé (HAS) : une large majorité des arrêts prescrits pour une lombalgie commune dépassaient la durée indicative de 5 jours et plus de la moitié des arrêts pour troubles anxio-dépressifs légers dépassaient les 14 jours recommandés.
Ce qui change au 1er septembre 2026 : un plafonnement de la durée
Deux décrets du 12 juin 2026 (n° 2026-498 pour le plafonnement de la durée, n°2026-501 pour les arrêts AT/MP) fixent, pour la première fois, des durées maximales :
| Type de prescription | Durée maximale |
| Premier arrêt (nouvelle pathologie) | 31 jours |
| Renouvellement | 62 jours |
Le professionnel de santé garde la possibilité de prescrire au-delà de ces plafonds si l'état de santé du patient le justifie réellement, mais il doit alors indiquer cette justification sur la prescription. Autrement dit, la dérogation reste possible, mais elle devient traçable. De plus, à compter du 1er septembre 2026, le motif de l'arrêt doit obligatoirement figurer sur le document transmis à l'Assurance maladie, une information qui ne sera pas visible sur le volet remis à l'employeur, mais qui sert au service du contrôle médical.
Conséquence directe pour les RH et la paie : ces plafonds ne modifient ni la nature du dispositif, ni les obligations de maintien de salaire de l'employeur. Ils changent surtout le rythme administratif des arrêts longs. Un professionnel de santé ne peut plus couvrir plusieurs mois d'affilée avec une seule prescription. Chaque tranche déclenche un nouveau document à transmettre et à traiter, un point de vigilance pour les services RH et paie, qui devront suivre un flux de renouvellements plus fréquent sur les absences longues.
Le renouvellement : une surveillance renforcée au-delà de 3 mois
Le décret n°2026-499 du 12 juin 2026 introduit un nouveau seuil de vigilance. A partir de 3 mois de renouvellement cumulé, le prescripteur peut solliciter l'avis du service du contrôle médical de l'Assurance maladie avant de prolonger l'arrêt de travail. L'objectif est d'instaurer un point d'étape médical sur les arrêts qui s'installent dans la durée, sans pour autant remettre en cause le renouvellement lui-même si la situation le justifie.
Le cas particulier de la téléconsultation
Depuis le 26 juin 2026, les règles de renouvellement à distance se resserrent nettement : un seul renouvellement par téléconsultation est autorisé. Au-delà, une consultation en présentiel redevient nécessaire, sauf dans deux cas :
- le renouvellement est prescrit par le médecin traitant du salarié,
- le salarié se trouve dans l'impossibilité de consulter en présentiel (typiquement dans une zone où l’offre de soins est insuffisante)
L'indemnisation des arrêts de travail : ce qui a changé et ce qui reste stable
C'est souvent le point le plus mal compris par les salariés et celui qui a le plus d'impact financier direct pour l'entreprise. Entre le délai de carence, le calcul des indemnités journalières et le relais de l'employeur, plusieurs mécanismes se superposent. Il est donc important de savoir faire la différence et de tous les comprendre.
Le délai de carence : toujours 3 jours
Le délai de carence de la Sécurité sociale reste fixé à 3 jours. Les indemnités journalières de Sécurité sociale (IJSS) sont versées à compter du 4ᵉ jour d'arrêt. Ce délai ne s'applique qu'une fois tous les 3 ans en cas d'affection de longue durée (ALD), lors du premier arrêt lié à cette affection.
À noter :
Ce délai de carence légal ne concerne que la part de la Sécurité sociale. De nombreuses conventions collectives prévoient un maintien de salaire par l'employeur dès le premier jour, ce qui neutralise en pratique la perte de revenu liée à la carence. Il convient donc toujours de vérifier les dispositions conventionnelles applicables dans l'entreprise, plus favorables que le régime légal.
Une évolution à connaître en 2026 pour les arrêts de longue durée
À compter du 15 octobre 2026, la durée maximale d'indemnisation évolue pour certaines affections relevant de la procédure prévue à l'article L. 324-1 du Code de la Sécurité sociale. Elle est ramenée de 3 ans à un an lorsque la participation de l'assuré aux frais de santé n'est pas limitée ou supprimée au titre des 3° et 4° de l'article L. 160-14. En revanche, la durée maximale reste fixée à trois ans pour les affections bénéficiant de cette exonération.
Cette évolution concerne les arrêts prescrits à compter du 15 octobre 2026 ainsi que certains arrêts déjà en cours à cette date. Pour les RH et les équipes paie, elle constitue un nouveau point de vigilance dans le suivi des arrêts de longue durée et l'anticipation de la prise en charge par le régime de prévoyance.
Le calcul des IJSS : une formule inchangée, un plafond abaissé
La formule de calcul du montant journalier reste la même :
- Salaire journalier de base (SJB) = moyenne des salaires bruts des 3 derniers mois ÷ 91,25
- Indemnité journalière = 50% du SJB
Ce qui a changé, c'est le plafond des indemnités journalières pris en compte dans ce calcul. Un décret entré en vigueur en avril 2025 a abaissé ce plafond de 1,8 à 1,4 fois le SMIC mensuel pour tous les arrêts débutant depuis le 1er avril 2025.
Ce que cela signifie concrètement : pour les salariés dont la rémunération dépasse ce plafond, la part prise en charge par l'Assurance maladie n'augmente plus au-delà de ce seuil. C'est là que le rôle du régime de prévoyance collective de l'entreprise devient déterminant. Selon les garanties souscrites, il compense tout ou partie de l'écart entre l'IJSS plafonnée et le salaire réel du salarié.
Checklist RH/paie : sécuriser la gestion d'un arrêt de travail
- Connaître les dispositions de la convention collective applicable (délai de carence, durée du maintien de salaire), souvent plus favorables que le régime légal.
- Vérifier à chaque nouvelle tranche de prescription que la subrogation reste correctement enclenchée auprès de la CPAM.
- Contrôler que les IJSS perçues correspondent bien au plafond en vigueur au moment du calcul (le plafond évolue notamment avec le SMIC).
- Identifier les salariés dont le salaire dépasse le plafond de 1,4 SMIC, pour anticiper l'écart à couvrir par la prévoyance.
- Suivre les droits à congés payés acquis pendant l'arrêt, y compris pour les arrêts non professionnels.
Le relais de l'employeur
Au-delà des IJSS, un salarié ayant au moins un an d'ancienneté bénéficie généralement d'un maintien de salaire par l'employeur, dont les modalités (taux, durée, éventuelle suppression du délai de carence) dépendent de la loi et le plus souvent, de conventions collectives plus favorables. Ce maintien s'articule avec les IJSS via le mécanisme de subrogation, par lequel l'employeur perçoit directement les IJSS pour le compte du salarié en contrepartie du maintien de salaire versé.
Un lien à ne pas oublier : congés payés et arrêt maladie
Depuis la loi n°2024-364 du 22 avril 2024, les salariés en arrêt maladie d'origine non professionnelle acquièrent des droits à congés payés pendant leur absence, une évolution issue de la mise en conformité du droit français avec le droit européen. Le rythme d'acquisition est de 2 jours ouvrables par mois d'arrêt (dans la limite de 24 jours ouvrables par période de référence), contre 2,5 jours par mois en cas d'accident du travail ou de maladie professionnelle, ce dernier cas restant sans plafond annuel. Les salariés concernés par des arrêts antérieurs à cette réforme disposent d'un délai de réclamation particulier qu'il convient de vérifier au cas par cas.
Et pour les arrêts liés à un accident du travail ou une maladie professionnelle (AT/MP) ?
Ce régime, plus protecteur que celui de la maladie ordinaire, évolue lui aussi.
Le décret n°2026-501 du 12 juin 2026 fixe pour la première fois une durée maximale de versement des IJSS à 4 ans dans le cadre d'un AT/MP, applicable à compter du 1er janvier 2027. A l'issue de cette durée, l'incapacité est réputée permanente. Une dérogation est prévue pour les salariés en temps partiel thérapeutique, non soumis à ce plafond. En cas de rechute ou d'aggravation reconnue après une reprise d'au moins un an, une nouvelle période de versement de 4 ans peut s'ouvrir.
Jusqu'ici, les indemnités étaient dues sans limite de durée prédéfinie, tant que l'incapacité de travail persistait, jusqu'à la guérison, la consolidation ou, le cas échéant, une rechute. Le principe change donc pour les sinistres à venir.
Anticiper l'impact sur votre stratégie prévoyance
L'abaissement du plafond des IJSS a un effet mécanique sur les contrats de prévoyance collective. L'écart à combler entre l'indemnisation légale et le maintien du niveau de vie du salarié s'est élargi, ce qui se répercute progressivement sur le coût du risque et potentiellement, sur les primes lors des prochains renouvellements.
Ce qu'il faut retenir
| Sujet | Avant | Depuis 2025-2026 |
| Durée d'un premier arrêt | Libre appréciation du médecin | Plafonnée à 31 jours (sauf justification médicale) |
| Durée d'un renouvellement | Libre appréciation du médecin | Plafonnée à 62 jours (sauf justification médicale) |
| Renouvellement au-delà de 3 mois | Aucune procédure spécifique | Avis possible du contrôle médical |
| Renouvellement en téléconsultation | Encadré depuis 2024 (3 jours pour l'arrêt initial) | Un seul renouvellement à distance autorisé |
| Délai de carence Sécurité sociale | 3 jours | Inchangé |
| Plafond de salaire pour le calcul des IJSS | 1,8 × SMIC | 1,4 × SMIC (depuis avril 2025) |
| Congés payés pendant un arrêt maladie non professionnel | Non acquis | Acquis depuis avril 2024 |
| Durée de versement des IJSS en AT/MP | Non plafonnée | Plafonnement à venir (1er janvier 2027) |
Ces évolutions poursuivent un même objectif affiché par les pouvoirs publics : mieux encadrer et mieux tracer les arrêts de travail, dans un contexte de hausse continue des dépenses d'indemnités journalières.
Pour les salariés, l'enjeu est de bien connaître ses droits, notamment ceux, souvent plus favorables, prévus par sa convention collective.
Pour les entreprises, c'est l'occasion de vérifier que leurs régimes de prévoyance collective couvrent correctement l'écart entre l'indemnisation légale, désormais plafonnée plus bas et le maintien effectif du niveau de vie de leurs salariés en arrêt.
Les dates et seuils mentionnés dans cet article correspondent aux textes publiés à ce jour ; certaines mesures restent conditionnées à la parution de décrets d'application complémentaires.
Questions fréquentes sur l'indemnisation d'un arrêt de travail
Elle correspond à 50 % du salaire journalier de base, lui-même égal à la moyenne des salaires bruts des 3 derniers mois divisée par 91,25. Ce salaire est plafonné à 1,4 fois le SMIC mensuel depuis avril 2025.
Article écrit par
Damien Vieillard-Baron
Des articles qui pourraient vous intéresser
Que signifient les garanties 100%, 200% et 300% BR dans une mutuelle santé ?
Gabriella Arcidiacono
Matthias Lespinasse
Conformité du régime de prévoyance : comment le comparer à vos obligations légales
Damien Vieillard-Baron
L’onboarding en entreprise : clé d’une intégration réussie et d’un engagement durable
Margaux Vieillard-Baron
Absentéisme au travail : comprendre les causes et réduire durablement les absences
Margaux Vieillard-Baron